AlphaFold'a Rakip: Açık Kaynaklı Model 1 Milyar Proteini Tahmin Etti

Yapay zeka destekli biyoteknolojide yeni bir dönem başlıyor. San Francisco merkezli Chan Zuckerberg Initiative’s Biohub araştırmacıları, "ESM Atlas" adını verdikleri ve bir milyardan fazla protein yapısını tahmin eden devasa bir açık kaynaklı atlas yayınladı. Facebook kurucusu Mark Zuckerberg ve eşi Priscilla Chan tarafından desteklenen enstitü, bu hamleyle bilinen protein evrenini genişletmeyi hedefliyor.

ESMFold2 adlı yapay zeka modeliyle oluşturulan bu yeni veri tabanı, Google DeepMind'ın AlphaFold veri tabanını yaklaşık 800 milyon girişle geride bırakırken, önceki ESM Atlas versiyonunu da 300 milyon ek veriyle aştı. Biohub yetkilileri, ESMFold2'nin performansının AlphaFold3 ve diğer rakip protein yapısı tahmin sistemlerinden daha üstün olduğunu iddia ediyor.

Çalışmaya liderlik eden Biohub bilim şefi Alex Rives, atlasın özellikle protein biyolojisinin en az bilinen kısımlarını gün yüzüne çıkardığını belirterek, "Bu çalışmanın yeni biyolojik keşifler için oldukça güçlü bir temel oluşturacağını düşünüyoruz" şeklinde konuştu. Bilim dünyasında yankı uyandıran projenin en dikkat çekici yönlerinden biri, modelin tamamen açık kaynaklı olması.

ESMFold2'nin temelini, 2024 yılında tanıtılan ve yaşam ağacındaki milyarlarca proteine dayalı bir "protein dil modeli" oluşturuyor. Bu model; toprak, okyanus ve diğer çeşitli çevrelerden elde edilen "metagenomik" dizileri de içeriyor; bu veriler AlphaFold'un mevcut veri tabanında yer almıyor.

Araştırma ekibi, ESMFold2'nin özellikle antikor moleküllerinin antijen hedeflerine bağlanması gibi etkileşimli protein komplekslerinin doğru yapısını belirlemede AlphaFold3 dahil mevcut tüm yöntemlerden daha başarılı olduğunu vurguluyor. Bu gelişme, ilaç geliştirme süreçlerinden hastalıkların tedavisine kadar geniş bir yelpazede devrim yaratma potansiyeli taşıyor.